Герб утверждён постановлением главы администрации Чернянского района от 11 сентября 1995 года № 340.
В чёрном поле – серебряная тройная гора и в ней чёрные врата с золотыми открытыми створами и порталом, завершённые восьмиконечным крестом. В вольной части герб Белгородской области.
Композиция герба муниципального района "Чернянский район" в белом, черном и желтом цветах отображает расположенную в черном поле серебряную тройную гору и в ней черные врата с золотыми открытыми створами и порталом, завершенные вверху золотым восьмиконечным (голгофским) крестом и символизирующими старинные Холкинские пещеры (расположены на территории муниципального района "Чернянский район"), в которых находится единственный, уникальный пещерный по архитектуре и планировке, восстановленный православный Троицкий Спасо–Преображенский мужской монастырь, основанный в первой четверти XVII веке, с церковью внутри Меловой горы.